產(chǎn)品介紹

NIST RM 8375 用于測序性能的微生物基因組標(biāo)準(zhǔn)品旨在用于微生物全基因組測序的驗證、優(yōu)化、過程評估和性能評估。特別注意評估基因組序列。該材料旨在幫助評估高通量微生物 DNA 測序方法的性能。該基因組 DNA 已從細(xì)胞培養(yǎng)物中提取。因為 RM 是提取的 DNA，所以它不評估 DNA 提取等分析前步驟。然而，它確實對測序文庫制備、測序機器、堿基調(diào)用算法和隨后的生物信息學(xué)分析提出了挑戰(zhàn)。此 RM 并非旨在評估其他生物信息學(xué)步驟，例如菌株鑒定、系統(tǒng)發(fā)育分析或基因組注釋。基因組 DNA 的純度被評估為適合這些目的。

規(guī)格：

 RM 8375 的一個單元由四個小瓶組成。每個小瓶包含不同的微生物基因組 DNA 樣本（MG-001 鼠傷寒沙門氏菌 LT2、MG-002 金黃色葡萄球菌、MG-003 銅綠假單胞菌和 MG-004 產(chǎn)孢梭菌）。

信息值：

目前為全基因組序列提供信息值，以實現(xiàn)對變異調(diào)用的性能評估。信息值被認(rèn)為是 RM 用戶感興趣和使用的值，但沒有足夠的信息來評估與該值相關(guān)的不確定性。

儲存和使用說明

儲存：NIST RM 8375 用于測序性能的微生物基因組在 NIST 的 –20 °C 溫度下儲存，但將與冷凍包裝一起運輸，并且可能不會冷凍到達(dá)。收到后，RM 8375 應(yīng)在 –20 °C 的黑暗中長期儲存，或在 4 °C 的黑暗中短期儲存（如果使用時間可能在大約 8 周內(nèi)）。

用途：建議使用基因組序列來評估變異調(diào)用的準(zhǔn)確性，而不是基因組組裝，因為正交測量方法對基因組序列結(jié)構(gòu)存在分歧，并且無法解決差異。由于與用于評估堿基調(diào)用準(zhǔn)確性的方法相關(guān)的復(fù)雜性以及基因組序列中的潛在錯誤，強烈建議用戶手動檢查具有高堿基調(diào)用錯誤率的推定區(qū)域周圍的對齊讀數(shù)。參考文獻(xiàn) 3 概述了評估微生物基因組中變異調(diào)用的最佳實踐。

這些組件基于來自多種測量方法的數(shù)據(jù)；我們使用多種正交方法對材料進(jìn)行了評估，以盡量減少與各個平臺相關(guān)的系統(tǒng)誤差的影響。這些數(shù)據(jù)可在國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。隨著測序技術(shù)和分析方法的改進(jìn)，基因組序列將更新并在 Github 站點上可用（參見上文“信息價值”）。新版本號將指示更新的基因組序列以及描述更改的文本文件。在參考基因組中發(fā)現(xiàn)錯誤的用戶可以將他們的結(jié)果發(fā)布在參考 5 所示的網(wǎng)站上，確認(rèn)的錯誤將被納入下一次序列更新中。